Случайно обнаружил, что не могу управлять важными для SEO тегами (Meta Title, Meta Description и текст заглавия страницы H1) на некоторых служебных страницах:

• Карта сайта
• Контакты (обратная связь)
• Регистрация нового пользователя
• Вход на сайт
• Корзина
• Сравнение товаров
• Позвоните мне (обратный звонок)
• Хиты продаж
• Новые поступления
• Специальное предложение (Акционные)
• Скоро в продаже (Ожидаемые)
• Недавно покупали
• Недавно обсуждали
• Поиск
• Новости
• Статьи

Скажите, Руслан, чем для СЕО важны все эти страницы?

Большей половины из перечисленных вами в поиске не должно быть. Реальную ценность для СЕО (как маркетинговой составляющей) несет только страница "Контакты".

Если говорить страницах "Статьи" и "Нвости" - (общих страницах, где собраны все статьи или новости)- вопрос спорный, ну да ладно пусть будут в поиске.

Но зачем же:

Регистрация нового пользователя, Вход на сайт, Корзина, Сравнение товаров, Позвоните мне (обратный звонок), Хиты продаж, Новые поступления, Специальное предложение (Акционные), Скоро в продаже (Ожидаемые), Недавно покупали, Недавно обсуждали, Поиск ?

Их нужно вообще закрывать от индексирования, иначе дублей миллион будет - это во первых. Во вторых, задумайтесь, будет ли кто-либо искать ваш магазин по запросу типа "Корзина интернет магазина такого то" и т.д.?

Мне и самому навязывают такую дотошную оптимизацию, как этап подготовки к продвижению. До этого момента я считал так же как и Вы. Но если все взвесить, то что такое SEO в принципе? Это идеально сделанный сайт с технической точки зрения: отсутствие ошибок в html, css, js, правильные ответы сервера 404/200, чистый код, малый вес страниц, достаточная скорость загрузки. А так же немаловажный фактор -уникальный, интересный для посетителя контент, внутренняя перелинковка, правильная структура документов, присутствие микроданных, юзабилити и другие мелочи. Каждая такая ерунда сама по себе практически не влияет на позиции сайта в поиске, но если все оценить в комплексе, да сравнить с конкурентами, то получается что дотошный подход к мелочам значительно увеличит шансы оказаться в ТОП3 за меньшую сумму на "раскрутку".

А по поводу закрытия от индексации, практика показывает что и гугл и яндекс успешно игнорируют эти инструкции, хотя рекомендуют их использовать (https://support.google.com/webmasters/answer/35769, http://help.yandex.ru/webmaster/yandex-indexing/webmaster-advice.xml).

В данной теме минимальная связка по метатегам выглядит так: H1 совпадает с Title + название магазина, Description чаще нужен для красивого сниппета в гугле.
Пример для служебных страниц:
-Title
Название страницы | Интернет-магазин подарков
-Description
DEMO - лучший магазин подарков! Тел.: 1234567 | Название страницы @Крутые скидки @Бесплатная доставка @Еще что-то там!
-H1
Название страницы

Пример для новости, статьи:
-Title
Название новости | Новости и статьи | Интернет-магазин подарков
-Description
DEMO - лучший магазин подарков! Тел.: 1234567 | Название новости @Последние новости @Бесплатная доставка @Еще что-то там!
-H1
Название новости

Далее для брендов, разделов, подразделов, подразделов 2-го и последующих уровней, товара - по такому же принципу...