Обновление не затрагивает ваш шаблон и, соответственно, коды ваших счетчиков, Гугл Аналитики и прочих скриптов, вставляемых в тело шаблона.
"... код за пределами поля <head>, поэтому не считает подтвержденным право собственности на сайт ..." - видимо, очередные прихоти Гугла, если говорите, раньше такого не наблюдали. Покажу 3 точки шаблона, где обычно размещают код Аналитики по принципу ИЛИ-ИЛИ-ИЛИ (положение точек ниже соответствует их важности, от важной к менее интересной, с точки зрения аналитических сервисов).
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
...
...
<script> точка 1: идеал согласно стандартам </script>
</head>
<body>
<script> точка 2: чтобы считать визиты даже недогруженных страниц </script>
...
...
<script> точка 3: наиболее распространенная практика </script>
</body>
</html>
Поскольку скрипты Аналитики уже давно используют технику асинхронной загрузки, значимость точек утратилась, ведь асинхронность подразумевает, что браузер сам решает по текущей ситуации, когда ему удобнее загрузить/отсрочить тот или иной скрипт.
Гугл придерживается стандартов (которые в общем-то не запрещают скрипты в теле документа), поэтому требует располагать скрипты в теге <head>. Однако и в сервисах Гугла все чаще встречаются противоречия. Например, PageSpeed Insights (так называемый оценщик недостатков сайта) рекомендует выносить из тега <head> все внешне-подключаемые скрипты и css внутрь тела документа, чтобы увеличить скорость загрузки страниц.