О проблеме несохранения настроек когда-то сообщали в том контексте, что при попытке сохранить настройки сайт сбрасывал менеджера на главную страницу админпанели, не сохраняя изменения. Это наблюдалось, когда менеджер на какое-то время отлучался, то есть проблема состояла в истечении времени сеанса.
Так как никто не сообщал, что заметил проблему при заходе в настройки + тут же изменении + тут же сохранении, а из вашего поста не ясно, так ли у вас происходит, то на всякий случай опишу где можно поискать проблему, разумеется если она не связана с сеансовыми time лимитами вашего хостинга.
Когда менеджер на странице настройки → Настройки сайта что-то изменяет в полях настроек и жмет кнопку Сохранить, управление передается в файл движка objects/Admin.Setup.php, где объявлен класс Setup, и в его методе prepare() собственно и происходит сохранение каждой из настроек, одна за другой.
Для примера настройка site_name (название сайта) сохраняется командой
$this->update_setting_in_database("site_name");
Метод update_setting_in_database() того же класса Setup просто ищет указанное поле (в примере это было site_name) в POST-запросе, пришедшем со страницы настроек админпанели, и сохраняет его значение под тем же именем (site_name) в таблице settings базы данных.
P.S. Если не найдете проблему сами, через обратную связь сообщите мне временный FTP-доступ, я посмотрю в чем дело.